La {\em taxonomie}, est une branche de la biologie qui a pour but de classifier les espèces en fonction de leurs évolutions, de les regrouper selon des caractères taxonomiques bien définis, dérivés et partagés depuis un ancêtre commun. La classification résultante permet de placer les organismes à différents niveaux~\cite{taxonomy}: 
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\includegraphics[scale=0.4]{../imports/Taxonomic_hierarchy.png}
\caption[Rangs taxonomiques dans la classification de Linné 1735]{\label{rang_taxo}Rangs taxonomiques dans la classification de Linné 1735, au plus bas niveau on a les espèces et au plus haut niveau le règne}
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\end{figure}
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Chaque espèce appartient à un genre, chaque genre à une famille... Ainsi deux espèces appartenant à un même genre ont un ancêtre commun plus récent que des espèces qui 
appartiennent à des genres différents.
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Le but de la {\em classification taxonomique} est de retracer l'histoire évolutive des espèces. Cette classification est souvent représentée par un arbre enraciné dont chaque noeud correspond à une espèce ancestrale, ou {\em taxon}, ayant vécu au cours de l'évolution, et dont chaque feuille d'un sous-arbre représente une espèce actuelle ayant évolué à partir d'un ancêtre commun représentant la racine du sous-arbre.
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